Dans la forêt de FernGully, Crysta, une petite fée, apprend la magie et la protection de la nature. Un jour, elle assiste impuissante au massacre des arbres par des bûcherons mais, grâce à ses pouvoirs, elle sauve un jeune ouvrier : Zak. Aux côtés de Crysta et de son peuple, Zak va alors découvrir les merveilles de FernGully.
